MobaXtermで公開鍵認証を使用してssh接続する方法について記載する。
秘密鍵と公開鍵のペアを作成
MobaXtermの上部のメニューから「Tools」、「MobaKeyGen」を選択。MobaXterm SSH Key Generatorのウィンドウが表示されたら、Generateのボタンを押す（下図）。
カーソルを適当に動かしたりすることで、秘密鍵と公開鍵のペアが生成される。生成されたOpenSSH用の公開鍵（下図）を、SSHで接続したいホストの$HOME/.ssh/authorized_keysにコピペする。
秘密鍵にパスフレーズをつけるため、上図の「Key passphrase」の欄にパスフレーズを入力する。秘密鍵はそのまま保存するとputty形式になるため、OpenSSH用に変換して保存する。上図の上部の「Conversions」、「Export OpenSSH key」を選択肢、「id_rsa」等のファイル名で保存する。
秘密鍵をエージェントに登録して使用する
MobaXtermに備わっているSSH agentである、MobAgentを使用するよう設定する（下図）。上部メニューの「Settings」→「Configuration」を選び、「SSH」のタブを選択、「Use internal SSH agent “MobAgent”」にチェックをいれ、その下に登録する秘密鍵を追加する（下図2.と記載のボックスの右側の「+」ボタンで追加する）。
MobaXtermを再起動すると、MobAgentが立ち上がり、パスフレーズの入力を求められる。そこでパスフレーズを入力すると、MobaXtermが起動している間はパスフレーズの入力をMobAgentが大体してくれる。そのため、リモートホストにはパスワードなしでログインすることができる（パスフレーズは秘密鍵を使用するためのもので、パスワードはリモートホストのログインパスワードであり異なるので注意）。
